تسهر الأمانة العامة على تطبيق القرارات التي يتخذها الوزير. وتكلف بتنسيق أنشطة كافة مصالح القطاع. ويرأسها أمين عام.
تشمل الأمانة العامة:
الأمين العام؛
المصالح الملحقة بالأمين العام.
المديريات المركزية:
- المديرية العامة للبترول والهيدروجين منخفض الكربون؛
- المديرية العامة للكهرباء والطاقات المتجددة؛
- المديرية العامة للدراسات والتخطيط والتعاون؛
- مديرية الشؤون الإدارية والمالية.